1925年10月14日,国民革命军第二次东征攻克惠州。东征军离开惠州继续东进时,东征军总政治部主任周恩来决定留下共产党员朱祺、共青团员肖鹏魂在惠州设立东征军惠州留守处,开展后方群众工作,支援前线。10月下旬,中共广东区委成员阮啸仙等到惠州视察,决定肖鹏魂等转为中共党员,于11月建立中共惠州特别支部,朱祺任支部书记。当时有30多名中共党员和共青团员一起活动,多数为留守处的黄埔军校学生,该特支隶属中共广东区委领导。此后,朱祺、肖鹏魂两人共同负责党组织在惠州的工作,并逐步在工农群众和青年学生中发展党员,这些党员成为惠州学生运动的核心力量。
广东省农民协会惠州办事处旧址和惠阳县农民协会旧址
惠州特别支部成立后,在其指引下,惠州各地工会、农会、青年团、妇女协会等群众组织也不断发展壮大,从而推动了惠州革命形势的发展。1926年1月,广东省农民协会惠州办事处成立,负责指导惠州地区的惠阳、博罗、河源、龙川、紫金、和平、连平、新丰8县的农运工作,朱祺被任命为办事处主任。惠州办事处成立后,协助惠阳县农会整顿内部组织,农会组织日益巩固。
1926年3月,根据广东省委指示,撤销中共惠州特别支部,建立中共惠州地方委员会,由肖鹏魂任书记。中共惠州地委下辖地委机关支部、惠阳象山特别支部、惠阳镇隆四大半围支部、紫金特别支部、龙川特别支部。党组织的迅速发展,有力推动了惠州工农运动的蓬勃发展,也为后来反击国民党右派叛变革命、进行武装起义提供了重要的组织保证。